Vintage B3 には、ピッチの動作を変えるパラメータがいくつかあり、オリジナルの音源では実現不可能な高い柔軟性を可能にしています。
Vintage B3 は等分平均律でチューニングされています。この標準チューニングからずらすために、低音および高音の範囲にチューニングをストレッチ（伸張）できます。これはアコースティックピアノ（特にアップライトピアノ）での方法に似ています。クラビネットやハープシコード、ピアノの音には、倍音構造の中にインハーモニシティ（不協和性）が存在します。これら楽器の倍音（ハーモニクス）の周波数は、正確には基音の周波数の整数倍になっていません。つまり、低い（チューニングされた）ノートの倍音の方が、高いノートの基本周波数との「ずれ」が少なくなります。オルガンは弦を鳴らす楽器ではないので、このような不協和性はありません。ストレッチ機能は、主にアコースティックピアノのレコーディングの際に Vintage B3 をアレンジメントで使う場合に備えて用意されています。
「Warmth」パラメータを使ってサウンドのチューニングをランダムにずらすことも可能です。また、キーボードのピッチ・ベンド・ホイールを使って、サウンドのピッチベンドを変更することもできます。ピッチベンドの変更はオリジナルにはない機能で、これによりサウンドの幅が広がります。
「Upper Stretch」スライダ：高音域での平均律スケールからの「ずれ」を設定します。値を大きくするほど、高いノートがさらに高くチューニングされます。値を 0 にすれば等分平均律のチューニングになり、1 オクターブ上がるごとに正確に 2 倍の周波数になります。
「Lower Stretch」スライダ：低音域での平均律スケールからの「ずれ」を設定します。値を大きくするほど、低いノートがさらに低くチューニングされます。値を 0 にすれば等分平均律のチューニングになり、1 オクターブ下がるごとに正確に半分の周波数になります。
「Warmth」スライダ：平均律スケールからの不規則な「ずれ」の量を設定します。
注記：「Warmth」と「Stretch」を両方を使うと、コーラスエフェクトをかけすぎたときのようにサウンドのチューニングがずれてしまうことがあります。より純粋な響きが欲しい場合は「Warmth」を 0 にしてください。
「Pitchbend Up/Down」スライダ：上方向と下方向のピッチベンドの感度を半音単位で個別に設定します。上方へのベンドの最大感度は 1 オクターブです。Hammond B3 にはピッチベンド機能がありません。このため、ピッチベンドの使用は、本物のオルガンの再現という意味では適切ではありませんが、いくつかのクリエイティブなオプションを使用できます。
注記：「Pitchbend Down」スライダを一番右の位置までドラッグすると、トーンホイールが徐々に遅くなり、ついには完全に止まった状態（キーボードのピッチ・ベンド・コントロールの最小位置）になります。この設定にすると、エマーソン、レイク＆パーマーの「ナイフ・エッジ」のエンディングに使われたような効果を再現できます。キース・エマーソンの超絶技巧によるハモンドオルガン演奏は、リール式のテープレコーダーで録音されました。曲のエンディング部分では、テープの速度を徐々に落とし、ついには完全に止めてしまいます。